Portal do Programa de Oncobiologia

Programa interinstitucional de ensino, pesquisa e extensão em biologia do câncer

Ferramenta computacional a serviço da oncologia

Ferramenta computacional a serviço da oncologia

    

      Um ambiente computacional para estudos de proteômica e câncer já está disponível em formato open access no endereço pcarvalho.com/patternlab. O ambiente foi desenvolvido por Paulo Costa Carvalho durante seu doutorado realizado no Programa de Engenharia de Sistemas e computação da Coppe.
    O trabalho foi realizado em parceria com Juliana Saldanha da Gama Fischer que estuda as vias de atuação do álcool perílico em glioblastomas, um tumor agressivo de cérebro. Juliana se dedicou, ao longo do doutorado realizado no Instituto de Química da UFRJ, às pesquisas correlacionando a droga a cultura de células de glioblastomas do tipo 172. 
       
Julina e Paulo passaram cerca de dois anos no Scripps Research Institute, na Califórnia, no grupo do Dr. John R Yates, onde conseguiram aprimorar o método de análise proteômica conhecido como Multi Dimensional Protein Identification Technology (MudPIT). Hoje, com a metodologia desenvolvida pela dupla brasileira, o Extended Data Independent Analysis, foi possível aumentar em 250% o número de espectro e em 30% o número de peptídeos identificados em uma analise MudPIT. 
     
“A otimização dessa metodologia, criando uma nova forma de aquisição de dados, nos permite a caracterização das novas vias de ação do álcool perílico e assim compreender melhor o mecanismo de atuação desse quimioterápico”, explica Fischer.
     
Foi a partir da potencialização do método MDPIT que foi identificação uma nova via, a Wnt, do álcool perílico nos glioblastomas, que até então não era conhecida. A descoberta de novas vias, explica Carvalho, pode ajudar na elaboração de estratégias de administração de drogas que atuem em vias complementares e, assim tentar driblar a resitência aos quimioterápicos.
     
Segundo Juliana, após um determinado tempo de administração da droga, o glioblastoma cria resistência aos quimioterápicos. A ideia foi identificar, então, os padrões de expressão de proteínas que caracterizam a resistência para comparar com o prognóstico dos pacientes. Foram acompanhados 10 pacientes e ela ainda detém soro de outros 50. Em paralelo, Fischer procura ainda entender melhor a ação molecular do álcool perílico. 
     
Essa ferramenta, explica Costa, se aplica a qualquer estudo de proteômica. “Estendendo o limite da técnica, aumentamos a fronteira. Coisas que antes não eram possíveis de serem identificadas, agora são. Mas acredito que isso ainda é apenas a ponta do iceberg. Essa ferramenta poderá auxiliar no diagnóstico e prognóstico de qualquer tipo de câncer.” conclui.
      
Os diversos resultados das pesquisas forma publicados nas revistas Bioinformatics, BMC Bioinformatics, Analytical Chemistry, Proteome Science e Journal of Proteomics. 
      
Ambos fazem parte do Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde da Fiocruz e são filiados ao Programa de Oncobiologia pelo projeto intitulado “Estudo de biomarcadores genéticos e epigenéticos em amostras obtidas de pacientes com neoplasias malignas: colo de útero, pulmão e tumores cerebrais”, coordenado por Maria da Glória Costa Carvalho, do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho/UFRJ.

design manuela roitman | programação e implementação corbata